Esta emancipação foi motivada ainda pela necessidade de proteger a região dos ataques dos piratas e corsários ingleses, franceses e holandeses, presença constante na região devido ao intenso tráfego de navios mercantes da frota real portuguesa. Canhões protegiam a vila dos invasores que utilizavam a Ilha de São Sebastião como refúgio e costumavam atacar e saquear os povoados.
O principal deles, o lendário pirata inglês THOMAS CAVENDISH usava a região como base, saqueando cidades desde a Patagônia, sul da Argentina, até o nordeste brasileiro. Pilhou a cidade de Santos em pleno dia de Natal, incendiando a Vila de São Vicente. Um motim a bordo, ao largo da baia de Castelhanos, na Ilha de São Sebastião, teria levado a tripulação a enforcar Cavendish, como também era conhecido o corsário, no mastro do galeão Leicester, nau principal da sua frota de cinco embarcações.
Outro corsário famoso que freqüentava a região, era o almirante RENÉ DUGUAY - TROUIN
René Trouin, mais conhecido como René Duguay-Trouin mas também grafado como Du Guay-Trouin, foi um corsário francês. Senhor de Gué, alcançou o posto de almirante e de comandante na Ordem de São Luís.
Nobre francês, audacioso, comandou a esquadra de dezessete embarcações que em 1711 invadiu e conquistou a cidade do Rio de Janeiro.
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